Obec Opatov leží na historickém území Čech 17 km západně od Jihlavy, 14 km východně od Pelhřimova a 17 km jižně od Humpolce, nedaleko silnice z Jihlavy do Pelhřimova.

 Její katastrální území sousedí s katastry obcí Zbilidy, Dušejov, Jankov, Vyskytná, Zachotín a Dudín. Nejvyšším bodem je kopec Špilberk (690 m) jihovýchodně od obce.

Západní hranice opatovského katastru je tvořena Jankovským potokem, který byl kvůli výskytu vzácné perlorodky říční vyhlášen národní přírodní památkou. Nad Jankovským potokem, dva kilometry severozápadně od Opatova, leží místní část Polánky. Na katastru obce se nachází několik samot.